支农服务与经营绩效的矛盾解决难。
改革之后的农村信用社效益能否从根本上好转是花钱能否买到机制的一个重要标志。因此，一些因经营成本远远大于其经营效益而出现连年亏损的农村信用社分支网点势必会被撤并。这将导致该地方为“三农”服务的金融机构出现空白点。如果为了支农不撤销这些亏损网点，农村信用社的经营效益又会上不去，这就出现了经营绩效与服务功效的矛盾。以湖北为例，经测算全省有400家、近三分之一的基层农村信用社处于亏损状况，正是这些亏损的农村信用社吃掉了全省所有农村信用社的盈利。而且这些经营网点，由于当地经济状况较差，即使改革注资，化解历史包袱后，也因业务规模太小，经营成本过高而难以盈利，风险还会逐年积累。如果撤销了这些网点，谁去为“三农”服务？那里的农民还会说，我们入了股，是农村信用社的股民，为什么剥夺我们享受就近接受金融服务的权利？
农村信用社结算渠道畅通难。
目前，除农村信用社外，其他金融机构都实现了“一卡通”，而农村信用社由于体制、资金等因素，至今无法实现全省乃至全国的通存通兑，严重影响了农村信用社的业务发展，极大地削弱了农村信用社的竞争力。因全国没有农村信用社的统一结算中心，即使参加了银联也解决不了异地资金“进”的问题，加之近几年农村信用社经营状况又不佳，亏损较大，对网络建设投入较少，现要实现全国通存通兑，其成本较高，投入较大,农村信用社财力有限；同时,全国农村信用社对网络建设缺乏统一的规划和统一的标准，出现了重复建设和投资，浪费较大，因而农村信用社网络建设步伐较慢。
农村信用社改革的四大监督点
《农村信用社改革试点方案》和人民银行两个《办法》的相继出台，标志着农村信用社的改革试点工作正式开始，由于农村信用社主要功能是为“三农”服务，机构也分布在广大农村地区，作为基层人民银行应该发挥好监督作用，以保证农村信用社改革试点工作的顺利开展，并做好防范本地区农村信用社的金融风险工作。
一、加强对增资扩股检查监督
二、加强对资本充足率的检查监督，保持资本充足率的相对稳定
三、督促农村信用社强化信贷管理，确保信贷形态真实准确，提高贷款质量
四、督促农村信用社加强内部管理，完善法人治理结构
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