（二）强化对非独立核算分支机构的监管力度。在督促分支机构办理注册税务登记的同时，加强总机构对其注册机构在财务核算、税收核算和上缴及遵纪守法等方面的监督管理。
（三）强化会计核算单位的监控力度，提高纳税申报的质量。各主管税务机关应对会计核算方面存在问题较多的单位限期整改。必须要求各总公司统一制定会计核算制度，统一账簿设置，统一会计核算方法，对库存商品实行集中、统一管理，健全会计核算体制，提高会计核算的真实性。增强汇总核算的纳税人对其所属分支机构在财务核算、税收核算和上缴及遵纪守法等方面的监督管理职能。
（四）加强对医药行业批发、零售企业一般纳税人发票使用的日常监控和管理。一是严格控制专用发票的使用。要求医药行业批发、零售企业在开具专用发票前、后都要进行严格的审核，必要时要审核购、销双方的合同或资金往来情况，最好能将库存商品实行统一集中管理，在开具专用发票前审查仓库中有无发票上销售的该种商品，尽可能杜绝虚开发票行为。二是规范普通发票尤其是自印普通发票的管理，严格自印发票审批程序，建立验旧印新制度，并将其纳入微机管理，确保已使用的发票规范、完整，各基层管理局要定期检查，堵塞管理漏洞。
（五）完善销货退回政策。医药批发企业的销售对象大部分为医院、诊所，由于受药物有效期等因素的影响，销货退回时有发生，目前的退回凭证为医院出据的退回证明，有的是医务处等医院部门出具的证明，随意性较大，业务的真实性也值得怀疑，由于业务量大、医院不配合等原因，难以查实，易造成税收漏洞，建议完善销货退回政策。
（六）严厉打击利用挂靠方式经营的偷税行为。税务系统内部，稽查、管理、评估、征收等部门应加强协调配合，充分利用现代化手段，实现信息资源共享，加大管理、监控和稽查力度，形成齐抓共管之势。同时，税务机关应同公安、医药管理部门应形成打击合理，严厉震慑并打击此类现象中的偷税行为，边打击边整改，实施综合整治
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