二是差别发展的原则。要注重发挥各地的资源优势和比较优势，大力发展具有区域特色的优势农产品，重点培育富有竞争力的区域经济增长点，使资源优势变为具有竞争力的经济优势，走出一条立足区域优势和主导产业带动现代农业发展的新路子。当前和今后一段时期，农业综合开发要按照《江苏省优势农产品产业化发展规划(****-20**)》，重点扶持优质水稻、特色蔬菜等16个优势农产品产业化发展。
三是产业取向的原则。农业综合开发必须实现从分散的项目建设目标向产业建设目标的根本转变。要克服以往项目缺乏连续性，后续工作跟不上，开发效率得不到充分发挥的弊端，围绕优势农产品产业，统筹项目安排，将土地治理和农业产业化经营项目有机结合起来，把改善农业生产条件，推进产业结构调整，提高农业科技含量，加强和改善生态环境，融入到优势产业建设之中，形成一批有规模、有特色、有市场、有效益的优势农产品产业群。
四是突出重点的原则。在区域布局上，农业综合开发要突出农业主产区特别是粮食主产区。农业综合开发推进农业产业化经营，必须以基地为载体，以企业为龙头，以科技为支撑，大力建设专业化飞标准化、优质化农业生产基地和农产品出口基地，完善配套建设基础设施，为农业产业化经营提供基础条件。中低产田改造不能单纯地就改造而改造，要讲究投资效益，围绕优势农产品基地布局建设改造。要大力培育发展龙头企业，重点扶持出口创汇型、成长型和部分骨干龙头企业，尤其要积极扶持主营产品优势明显、出口创汇潜力大的外向型龙头企业，增强企业的带动功能和市场竞争能力；要加强科技创新，坚持高产、优质、高效、安全、生态的原则，积极推广实用新品种、新技术，提高农产品的安全性、资源综合利用率和农产品的附加值，加快农业科技成果转化。农业综合开发科技示范项目要突出农产品产业链开发，提高产业的科技竞争力。加大项目区农民科技创新力度，提高农民群众的科技素质，为推进产业化快速发展、促进产业优化升级提供动力。