当拉格纳达投降时，双方签订的和平协议规定居住在西班牙的伊斯兰教徒可以继续奉行自己的宗教。但是在事实上，西班牙政府不久便践踏了这项协议。因此摩尔人奋起反抗，但却遭致失败。1502年所有住在西班牙的伊斯兰教徒都被迫做出选择，不是改信基督教就是流亡国外，同样的选择在十年前就摆在了犹太教徒面前。
伊莎贝拉虽然是个虔诚的天主教徒，但是却从来不允许让她的正统观念干扰她的西班牙民族主义。为了确保西班牙天主教在西班牙君主制而不是教皇的控制之下，她和裴迪南努力斗争，取得了成功。这就是十六世纪的宗教改革在西班牙未取得任何进展的理由之一。
当然，在伊莎贝拉统治期间最著名的事件是克里斯托弗·哥伦布发现了新大陆，这个事件也发生在极不平凡的1492年。哥伦布探险是由卡斯提尔王国资助的，但是有关伊莎贝拉不得不典当她的珠宝来资助这次探险的说法是不真实的。
伊莎贝拉于1504年去世。她一生有四个女儿和一个儿子。儿子胡安于1479年早夭。她的四个女儿中最著名的是胡安娜。裴迪南和伊莎贝拉把胡安娜许配给菲利普一世（美男子），他是奥地利哈布斯堡皇帝之子，也是勃艮地王国的王位继承人。这两位不寻常的王朝联姻，使得伊莎贝拉的外孙查尔斯五世皇帝继承了欧洲历史上最大帝国之一的帝位，他还被当选为圣罗马皇帝，是当时财富最多、势力最大的欧洲帝王。他在名义上或实际上统治过的领土包括西班牙、德国、荷兰、比利时、奥地利、瑞士、大部分意大利、部分法国、捷克斯洛伐克、波兰、匈牙利和南斯拉夫，此外还有西半球的一个很大地区。查尔斯五世和菲利普二世都是狂热的天主教徒，他们在长年的统治期间，靠掠夺大陆的财富来资助反对北欧新教国家的战争。因此由裴迪南和伊莎贝拉一年安排的王朝联姻几乎在她俩死后一百年当中都对欧洲的历史产生着影响。
现在我们来概括一下裴迪南和伊莎贝拉的成就和影响。他俩经过共同努力，成功地创建了一个统一的西班牙王国，其当时的边界和西班牙在过去五个世纪中所保持的边界基本上相同；他们在西班牙创建了一个中央集权君主专制政体；驱逐摩尔人和犹太人对被驱逐者及西班牙本身都产生了重要的影响，他俩持有的宗教偏见和创立的宗教法庭对西班牙整个未来的历史都产生了深远的影响。
对上述最后一点应该加以讨论。人们可能会十分简单地认为宗教法庭给西班牙穿上了一件文化紧身夹克。在1492年以后的几个世纪里，大多数西欧国家出现了文化和科学技术高度繁荣昌盛的局面，但是西班牙却并非如此。在一发表离经叛道思想就会遭到宗教法庭逮捕之险的社会里，缺乏开拓和创造精神是不足为奇的；在其它欧洲国家中允许发表某些不同的言论。在西班牙，宗教只允许一种完全正统的天主教存在。1700年和西欧其它国家相比，西班牙在思想文化方面是一潭死水，毫无生气。虽然自从裴迪南和伊莎贝拉初建西班牙宗教法庭至今几乎已有五个世纪了，虽然自从它被彻底消灭之日起至今也已有一百四十多年了，但是西班牙还没有从它的影响下真正恢复过来。
进而言之，伊莎贝拉资助哥伦布探险，又使南美和中美大部分地区成了西班牙的殖民地。这意味着在西半球的一个广大地区建立起来了西班牙的文化及其机构──包括宗教法庭。因此，如同西班牙在思想文化方面和多数西欧国家相比是落后的一样，西班牙在南美的殖民地在思想文化方面也比英国在北美的殖民地落后，这不足为奇。
给伊莎贝拉在本册中排名次，要考虑一个因素，那就是假如没有她是否也会大体上出现同样的事件。从实际情况来看，由于从伊斯兰教徒手中收复伊伯利亚半岛的长达七百年的斗争，西班牙已经有了很强的十字军精神。但是当这场斗争在1492年胜利结束时，西班牙要朝着哪个方面发展有了一个选择的机会。是裴迪南和伊莎贝拉──特别是伊莎贝拉──把西班牙引向了毫无妥协的宗教正统的方向。没有她的影响，西班牙象是完全有可能一直都是一个通常有多宗教信仰的社会。
也许人们自然会把伊莎贝拉和更著名的英国女王伊丽莎白相比较。至少伊丽莎白的才干可以和伊莎贝拉相媲美；而且由于她的政策比较有仁爱和宽容精神，她似乎是一个更加令人羡慕的君主。但是她比伊莎贝拉缺乏开拓精神，她的事迹中没有哪一个的影响有伊莎贝拉创建宗教法庭那样深刻。虽然伊莎贝拉有些政策令人深恶痛绝，但是历史上没有几个帝王的影响能象她那样深远。