场外交易市场没有固定的组织形式，进行交易的证券种类和数量众多，交易地点分散，参加交易的证券商、投资人数量巨大，因而场外交易市场的管理困难较大，问题较多。对场外交易市场的管理主要有两种方法：
第一，组成证券商同业公会进行自律。如美国的证券交易法规定：
（1）证券商应组成协会进行自律；
（2）证券商协会对其会员所经营业务的种类及地区应予以限制，并向证券交易管理委员会办理登记；
（3）证券商协会的章程应当注意防止欺诈与操纵市场的行为，提倡公正交易的原则，限制过分的利润、佣金及其它收费；
（4）应保护投资者与公共利益，消除自由公开市场上的障碍等。
第二，政府对场外交易市场制定管理制度。如美国证券交易法规定：
（1）在场外交易市场交易的公司资产额在100万美元以上、股东在500人以上应向证券交易管理委员会注册；
（2）在州与州之间进行场外交易业务的证券商也必须向证券交易管理委员会注册；
（3）全国证券商协会主要管理证券场外交易，该协会制定各种管理规则，防止虚伪、操纵市场的行为，加强公平交易和商业道德，监督收取不正当手续费，以保护投资者的利益，对违反者开除会籍或课以罚金。此外，还制定有关证券商之间股价确认的规则，对场外交易价格进行管理。
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