(五) 固定资产投资审计司
固定资产投资审计司的主要职责：根据有关法律、法规和国务院的规定，负责审计国家重点建设项目的预（概）算执行和决算，并配合稽察特派员对国家重大项目的预（概）算执行和决算进行监督；负责审计国家投资公司的财务收支；组织对国有施工企业的审计监督；开展专项审计和审计调查；指导地方固定资产投资审计业务。
(六) 经济责任审计司
经济责任审计司的主要职责：指导地方审计机关和中央国家机关各部门、中央直属企事业单位的经济责任审计工作；起草有关经济责任审计的法规、规章、规定和工作方针、政策；监督检查经济责任审计工作的开展情况；调查研究经济责任审计工作情况，组织理论研讨、经验交流；统计全国经济责任审计工作情况；编发有关信息，向有关部门通报经济责任审计工作情况；复核审计署出具的有关经济责任审计的业务文书；与相关部门协调有关经济责任审计事项；履行中央五部委经济责任审计联席会议办公室的职责；解释经济责任审计专项法规、规章、规定。
(七) 人事教育司
人事教育司的主要职责：负责办理署机关、派出审计机构、驻地方审计特派员办事处、在京直属事业单位的机构编制及其人员管理、工资福利、专业技术职称考评；协助地方管理省级审计机关负责人；组织和指导审计系统的教育培训和精神文明建设。
(八) 监察局
驻审计署监察局主要职能：在中纪委、监察部、审计署的领导下，负责驻审计署纪检组决策的具体组织实施和落实。组织对审计署机关、派出机构及工作人员和审计署所属事业单位领导干部执行国家法律、政策、决定和审计署指示、决议贯彻执行情况的监督检查；负责对监察对象违纪违法案件和其他举报问题的调查处理，受理信访举报、不服处理的申诉案件；组织审计系统的党风党纪教育，制定廉政规章制度，开展领导干部廉洁自律工作；组织审计系统的纠风工作，开展专项执法监察；组织调查研究、检查活动，指导审计系统廉政建设；研究制定纪检监察工作业务规章制度；完成中纪委、监察部、审计署交办任务，并向其报告工作。
(九) 法制司
法制司的主要职责：负责审计法律、法规、规章的草拟及修改和报批，办理有关的协调工作；研究财政经济方面的法律法规和政策，提出有关建议；组织对地方审计机关和社会审计组织审计业务质量的监督检查；办理地方性审计法规、规章的备案审查；审核与复核署机关和派出审计机构的审计报告、审计意见书和审计决定；受理审计行政复议和应诉；组织实施审计普法教育；指导地方审计机关的法制工作。
(十) 金融审计司
金融审计司的主要职责：负责审计中国人民银行、国家外汇管理局（含分支机构）及其在京下属单位、中国证券监督管理委员会及其所属证券交易所的财务收支；负责审计国家政策性银行、国有商业银行、国有保险公司、中国国际信托投资公司、中国光大（集团）总公司及其分支机构和其他中央国有金融机构的资产、负债和损益状况；开展专项审计和审计调查；指导地方金融审计业务。
(十一) 经贸审计司
经贸审计司的主要职责：负责审计国务院有关部门及其在京下属单位的财务收支；根据有关法律法规和国务院规定，配合稽察特派员对国有重点大型企业进行审计监督，组织对其他国有企业的审计监督；组织对内部审计的指导和监督；开展专项审计和审计调查；指导地方经贸审计业务
(十二) 社会保障审计司
社会保障司的主要职责：负责审计国务院有关部门及其在京下属单位的财务收支；负责审计由国务院主管部门管理和受国务院委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业等社会保险基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、扶贫开发、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；负责审计省级人民政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查；指导地方社会保障审计业务。
(十三) 外资运用审计司
外资运用审计司的主要职责：审计国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支；提供世界银行、亚洲开发银行援助、贷款项目的审计公证报告；开展专项审计和审计调查；指导地方外资运用审计业务。
(十四) 外事司
外事司的主要职责：办理署机关及直属单位人员出国的有关事项，接待国外来访团组，联系外国审计机关和国际审计组织；管理对外审计合作项目；组织联系对境外机构、企业和投资项目的审计业务。
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