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税收分析作为强化税源管理中不可缺少的环节和手段，既是组织收入工作的重要内容，同时也是加强征管、监控税源变化、评估税收与经济发展是否协调的重要方式。国家税务总局谢旭人局长在全国税收工作会议上明确指出：要加强税收分析预测工作，通过税收分析及时发现税收政策执行和税收征管中存在的问题，以便及时掌握影响税收收入变化的相关因素，积极采取应对措施。但从各级税务机关对税收分析工作的理解和实践看，仍存在一定问题。
一、主要存在问题
（一）数字对比多，变动情况分析少，税收分析的固有作用难以发挥
税收分析的综合性、复杂性是其本身固有的特点。税收分析不仅要对收入完成情况分析，也要对影响完成情况的诸多因素进行分析，凡与税收相关的因素及原因都要综合反映在其中，包括政策、市场、生产经营以及其他不可预测因素。但在现实工作中，税收分析往往局限于计划完成情况的分析，突出表现为数字的对比多，对税收增减变动情况分析少，知其然而不知其所以然，税收分析的固有作用很难得到充分发挥。
（二）缺乏部门间的协调机制，税收分析难以有效开展
税收分析既是组织收入工作的重要内容，同时也是加强征管、监控税源变化、评估税收与经济发展是否协调的重要方式。因此，税收分析从客观上要求计划统计、税种管理、征收管理以及税源管理等部门要相互配合，积极协作，以确保全面、准确地揭示税收增减变化的各种原因。而在现实工作中，税收分析往往局限于税收会计统计部门，对数据变化较大的项目进行分析，由于缺乏部门之间协调配合，税收分析往往只停留在表面现象上，而影响税收完成情况的真正原因则难以分析透彻。
（三）调查研究不够，税收分析的基础材料匮乏
税收分析作为一种综合性分析，要求分析人员必须掌握大量的、真实的经济税源变化情况，掌握税收计会统数据及其它相关联的涉税信息，这是做好税收分析的基础。而目前各项基础材料的匮乏，造成了税收分析质量不高。
一是信息不对称问题，局限了基础材料的真实性、准确性。主要表现在两个方面：一是税务系统信息数据收集还比较薄弱。如征管软件中，目前重视了对纳税人的税务登记、纳税申报表、税款入库等数据收集，而对纳税人的财务报表、经营状况、银行存款等大量数据，基本上没有采集或采集不全，有的项目即使采集，也由于缺乏相关应用软件而无法使用。二是在税收博弈中代表政府行使税权的税务机关与纳税人在拥有涉税信息方面是不对称的。这种不对称性，客观上产生了对法律、法规、规定在认识上的偏差，加之纳税人为了追求自身最大的利益，势必影响其提供的各种报表、资料的真实性、准确性、完整性，必然影响税收分析的质量。
二是经济税源变化情况调查研究不够。税收分析离不开经济税源调查。但在实际工作中，税源调查往往流于形式，表现为两个不够、两多、两少，导致税务机关很难及时、准确掌握经济税源结构和纳税人税源变化情况。两个不够：即深度不够、积累不够。深度不够即对经济税源结构、调查对象发展变化情况调查深度不够；积累不够是指对国家财政、货币、产业政策调整对税收影响及征管一线涉税信息积累不够。两多：是向重点税源户调查多，向纳税人、账务人员要数据多。两少：是行业性、专题性调查少。
三是税收分析方法缺乏创新，内容单一。多年来，税收分析方法始终停留在各税种的完成对比上，停留在改改数字就上报的水平，对行业分析发展态势不明确，对一些重点税源发展变化态势把握不够，对一些重要增减收因素分析不透彻，往往只看到问题的表象，缺乏深层次的实质性的分析内容。具体表现：一是计划执行情况分析报告千篇一律，对管理决策没有价值；二是对经济、政策、征管三大因素缺乏量化分析；三是对重点税源的税源质量和变化趋势分析力度不够；四是分析后提不出有针对性的措施和建议。
四是税收分析人员的水平参差不齐，影响税收分析质量地提高。税收分析作为一种综合性的分析，在收集大量的涉税信息资料、明确分析内容和方法后，最终要落实在分析人员的综合、概括、提炼能力上。如果分析人员不懂政策、不懂经济、不懂税收业务，脱离宏观经济背景，就不会产生合格的税收分析，更不要说高质量的分析。而在现实工作中，税收分析一般由计会部门人员兼职，缺乏一支具有良好业务素质、较高综合、概括、提炼能力和文字表达能力的税收分析队伍，在很大程度上影响了税收分析质量的提高。