第十条 驻厦部队环境保护部门的职责是:
(一)负责军用船舶排污的监督;
(二)负责军用水域环境的监视;
(三)会同有关部门调查处理污染军用水域的行为。
第十一条 市人民政府的土地房产、规划、建设、市政、农业、园林风景、水利水电等行政主管部门，依照有关法律、法规的规定按照各自的职责，协同环境保护行政主管部门对海域环境的保护实施监督管理。
第三章 海域环境污染与破坏的防治
第十二条 严格控制新建、扩建、改建海岸工程建设项目，确需进行的必须符合厦门市海域环境功能区划的要求，严格执行建设项目“三同时”制度。
第十三条 在港区内新建、扩建、改建各种设施或者进行其他水上、水下施工(包括架设施工)，必须经厦门港务监督审核同意，并按要求采取措施防止建设工程污染或破坏海域环境。
第十四条 下列海岸工程建设项目，建设单位在可行性研究阶段必须编报环境影响报告书:
(一)区域开发工程建设项目;
(二)大中型基本建设项目或限额以上技术改造项目;
(三)围填海工程建设项目;
(四)需要在特殊保护的区域内建设可能污染海域环境或破坏景观的建设项目;
(五)市环境保护行政主管部门确认的对厦门海域环境有较大影响的小型建设项目和限额以下技术改造项目。
其他海岸带工程建设项目可以填报环境影响报告表。
海岸工程建设项目的性质、规模、建设内容或地址等有重大变更时，建设单位必须修改环境影响报告书(表)，并按照规定重新报批。
第十五条 任何单位和个人向海域排放陆源污染物，必须执行国家和厦门市发布的污染物排放标准和有关规定。污水管道的入海出水管口应延伸至低潮线下。
第十六条 港口、码头应按照有关法律、法规的规定，设置与其吞吐能力和货物种类相适应的含油污水接收处理设施，残油和废油回收设施、垃圾回收处理设施和其他处理设施，配备必要的防污器材和监视、报警装置。
第十七条 市环境保护行政主管部门按照项目管理权限，可以会同项目主管部门对海岸工程建设项目和排放陆源污染物的单位和个人进行现场检查，被检查者应提供下列情况或资料:
(一)建设项目“三同时”执行情况;
(二)生产设备、工艺和资源开发利用情况;
(三)污染物排放情况;
(四)污染物处理设施运行、操作和管理情况;
(五)限期治理完成情况;
(六)事故情况及有关记录;
(七)其他与环境污染防治有关的情况和资料。
检查者应为被检查者保守技术秘密和其他商业秘密。
第十八条 严禁擅自在近岸海域、岸滩倾倒、堆放、弃置和处理垃圾及其他废弃物。被批准在岸滩设置固体废弃物堆放场、处理场的，必须建造防护堤和防渗漏、防扬尘等设施，防止废弃物流失入海。
第十九条 需向海域倾倒废弃物的，应事先向厦门海洋管区提出倾倒申请，并附报废弃物特性和成分检验报告单。