由于农村综合改革是一场深层次的社会变革，具有艰巨性、复杂性和长期性，特别是各地工作基础、经济条件相差很大，必然会遇到不同的困难和问题。就某县来讲，主要困难和问题表现在以下三个方面：
（一）资金难题
根据全县专项统计数据，全县乡镇下属事业单位（不包括县直派出机构编制及实有人数）实有1417人，其中全额事业单位现有159人，自收自支事业单位现有1258人，这些人员都是经组织人事部门按当时政策规定，分配到乡镇的大中专毕业生和复退军人。省编制部门最近下发文件，明确提出在这次乡镇机构改革中，乡镇不再举办自收自支事业单位。按照这一规定，如将现有乡镇自收自支1258人全部分流，按有关法律规定就必须为其缴纳养老保险金及发放补偿金，共计4083万元；如将其中449人通过公开招聘的形式转成县财政供养，按人均工资800元计算，每年增加财政支出430多万元。
在农村义务教育方面，农村中小学布局调整资金缺口非常大。全县农村现有中小学426所，按照省市教育部门的要求，计划合并成95所，在20**年-20**年的规划期内，需新建、改扩建中小学84所，改扩建面积为50.4万平方米，需投入资金23763万元。
乡村两级沉重的债务负担，已经成为农村综合改革顺利进行的一大障碍。截止到20**年8月31日，全县乡村两级债务共计22862.47万元，债权4140.27万元；其中，乡镇债务10472.97万元，债权3366.89万元；村级债务12389.5万元，债权773.38万元。全县乡、村两级债务分别从债务来源、债务用途、形成时间三个方面进行详细分类。从成因来看，乡村两级“普九”建校债务3918.73万元，农业投入债务4515.09万元，农业税垫支3687.59万元，欠发乡村干部工资1600余万元，此外还有合作基金会债务、占地补偿、乡村道路建设等等。从资金来源看，借个人款8740.87万元，银行贷款4284.86万元，向上级借款2367.24万元，此外还有借其它乡镇、单位、欠企业借款、基金会贷款等等。按时间划分，乡镇债务20**年税费改革前形成8583.67万元，20**年以后形成1889.28万元；村级债务在1999年以前形成债务6264.04万元，1999年以后形成6125.46万元。20**年我县免征农业税后，因乡村两级失去了最主要的农业税收入，债主催债比往年更加急迫，围追堵截、上访告状、媒体曝光、法院起诉不一而足，个别债主甚至采取极端的手段索债，乡村主要干部春节前到处躲债已成为一种普遍现象，这已经成为影响农村基层政权形象和农村稳定的突出问题，尤其是乡村两级干部为完缴农业税费任务的个人集资、垫付款问题，严重影响我县农村综合改革的顺利进行。
某县是国家扶贫开发工作重点县，经济基础十分薄弱，县、乡财政十分困难，根本无法承担如此巨大的改革成本，这是我县在推进农村综合改革过程中遇到的最大难题。
（二）政策问题
农村综合改革是农村上层建筑适应农村经济发展的重大变革，这一变革必然会引发一系列新矛盾、新问题，需要上级在政策或法律层面上及时予以明确、规范或给予倾斜。在乡镇机构和编制方面，我县乡镇行政和全额事业单位严重缺编，乡镇自收自支事业单位严重超编，能否从自收自支事业超编人员中招收补充到行政岗位，自行消化分流人员压力，减少改革带来的冲击和震动。但上级对财政供养人员及机构编制方面诸多政策限制，使这种共赢的人员流动根本无法进行。
在农村兴办集体生产公益事业筹资筹劳政策方面，一些经济条件普遍较好的村，在硬化道路、农业开发、建设“两室”等较大的公益性项目时，一次性投入比较多，多数群众自愿筹资筹劳。但上级筹资不得突破20元的限额，影响了农村筹资筹劳的顺利进行。特别是在绝大多数群众同意筹资，仅有极少数群众不同意筹资，并且经多次做工作无效的情况下，对这些群众的行为应该如何定性，应该采取什么措施，有关法律和政策中都没有明确规定，基层在操作过程中十分困难。
（三）上下协调联动问题
农村综合改革虽然发生在农村基层，但必然会带来一系列的链锁反应，波及上层，需要上下协调联动，共同为农村综合改革创造一个良好环境。比如，乡村两级债务本来就十分沉重，如果上级在新农村建设、村“两室”建设、教育布局调整等等类似的工作开展过程中，不妥善解决资金问题，用行政办法强行推动，必然会使乡村两级产生大量的新债，从而使乡村两级财政雪上加霜。又如，在乡镇机构设置方面，涉及农村的省、市、县各部门，都想保留乡镇的对应机构和人员，都想保护本部门的利益，但农村综合改革减人、减事、减支出是总体趋势，必然会精减部分机构和人员，因此部门干预农村综合改革问题应引起上级的高度重视。
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