加强农村基层党组织运行机制建设，应当坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，按照建设社会主义新农村的要求，认真总结近年来农村基层党建的实践经验，围绕实现村党组织和乡镇党委“五个好”的目标，建立健全以“职能职责明确、组织有效覆盖、队伍素质提高、工作关系顺畅、责任制度落实、保障措施有力”为内容的农村基层党组织运行机制，不断提高农村基层党组织的创造力、凝聚力和战斗力，促进农村经济社会全面协调可持续发展。
1 进一步明确职能定位，健全目标评价机制
在建设社会主义新农村的新形势下，农村基层党组织的职能定位可以概括为：执行党的政策，引领科学发展，强化社会管理，促进乡风文明，服务农民群众，加强自身建设。
执行党的政策。认真学习和全面理解党的路线方针政策特别是党在农村的各项政策，自觉与党中央保持高度一致；采取多种形式向农民群众宣传党的路线方针政策，使党的政策深入人心；结合实际贯彻落实好党的政策和国家的法律法规，团结凝聚以农民群众为主体的各方力量共同建设社会主义新农村。
引领科学发展。用科学发展观武装党员、教育群众，保持社会主义新农村建设的正确方向；按照科学发展观的要求制定和完善农村经济社会发展规划，并坚持抓好落实；根据市场变化，组织农民群众调整农业产业结构，发展农村产业化经营，合理有序转移农村剩余劳动力，不断增加农民收入；加强农村基础设施建设，加快发展农村公益事业，促进农村经济社会协调发展。
强化社会管理。着眼于构建和谐农村，认真研究和把握新形势下农村矛盾运动的特点和规律，抓住主要矛盾，分类妥善处置；加强农村社会治安综合管理，建设平安乡村，创造农民安居乐业的社会环境；健全村党组织领导的充满活力的村民自治机制，进一步完善村务公开和民主议事制度。
促进乡风文明。加强农村思想政治工作，抓好爱国主义、集体主义、社会主义思想教育和科学文化、法律法规知识教育，培育社会主义新型农民；指导制定适合群众生产生活需要的村规民约，并抓好执行；切实抓好文明村、文明户的创建活动，大力倡导文明新风。
服务农民群众。尊重和维护宪法、法律赋予农民群众的各项权利，防止侵害农民群众合法权益的言行；密切同农民群众的联系，及时反映群众的意愿和要求，多为群众做好事、办实事、解难事；关注农村弱势群体，帮助困难群众安排好生产生活；培育农村新型社会化服务组织，为农民群众发展生产经营和维护合法权益提供有效服务。
加强自身建设。认真落实农村基层党组织的管党责任，严格组织制度，健全组织生活，改进党组织的活动方式，充分发挥党组织的战斗堡垒作用；切实加强乡村两级领导班子和干部队伍建设，不断提高农村执政骨干队伍的整体素质；加强党员队伍建设，坚持标准保证质量，积极发展农村党员，发挥农村党员的先锋模范作用；加强对乡镇和村级其他组织的领导、指导和协调，支持各个组织依照法律和各自章程独立负责地开展工作，不断增强工作合力。
2 进一步调整组织设置，健全组织管理机制
第一，建立联合型党组织。突破地域、行业、建制的界限，采取以大带小、以富带穷、以强带弱等多种形式建立联合党组织。一是强村带弱村联建。在经济社会发展不平衡、彼此有较强互补性的相邻村，强村富村与其相邻村联合建立党总支或党支部。二是村居联建。适应农村城市化进程加快的形势，探索以城带乡的党组织设置形式，将城郊农村党组织与相邻的城市居民区党组织合并，建立联合党支部、党总支或党委。三是涉农部门与村联建。将乡镇的农技站、林业站、水利站、兽医站等涉农服务部门与行政村联合建立党组织。
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